Die Kirchenkreissynode ist das Parlament des Kirchenkreises. (Der frühere Begriff dafür war Kirchenkreistag, die Umbenennung erfolgte im Jahr 2020.)
In die Kirchenkreissynode entsenden die örtlichen Kirchenvorstände je nach Größe der Gemeinde bis zu vier Personen. Zusätzlich werden zehn Mitglieder durch den Kirchenkreisvorstand in die Kirchenkreissynode berufen. Auch gehören der Kirchenkreissynode der Superintendent sowie die im Kirchenkreis wohnenden Mitglieder der Landessynode an. Insgesamt besteht die Kirchenkreissynode Hameln-Pyrmont aus 80 Mitgliedern.
Die Kirchenkreissynode soll die Arbeit der Kirchengemeinden durch ihre Entscheidungen fördern, sie zur Zusammenarbeit anregen und sie zur gemeinsamen Erfüllung kirchlicher Aufgaben veranlassen. Konkrete Aufgaben sind insbesondere der Beschluss des Haushaltsplanes, die Aufstellung von Grundsätzen für die Verteilung der Geldmittel und die Stellenplanung. Die zwei bis drei Sitzungen der Kirchenkreissynode pro Jahr werden durch den Vorstand der Kirchenkreissynode vorbereitet. Ihm gehören der oder die Vorsitzende, der oder die stellvertretende Vorsitzende und drei Beisitzer an.
Aus der Mitte der Kirchenkreissynode werden für die unterschiedlichen Aufgabenbereiche Ausschüsse gebildet. Zur Zeit sind es drei. Sie begleiten die Arbeit der Kirchenkreissynode und des Kirchenkreisvorstandes und bereiten sie vor.